Las obras consistieron en la construcción de dos sistemas de humedales, Humedal Norte (Deltebre) y Humedal Sur (Amposta), para mejorar la calidad del agua procedente de los campos de cultivo antes de su desagüe a las bahías. En ellos tiene lugar toda una serie de procesos físicos, químicos y bióticos utilizando el suelo, la vegetación acuática y los microrganismos asociados a los mismos.
Los dos humedales tienen respectivamente 45 ha (Humedal Norte) y 87 ha (Humedal sur) de superficie y están divididos en tres celdas, que disponen de plantación (188.360 m² Humedal N – 327.700 m² Humedal S de caña bova (Typha Sp)), fangueo (22.836 m² H.N. – 16.265 m² H.S.) y zonas de recreo (34.195 m² H.N. – 31.181m² H.S.). En el humedal Norte el agua entra en las celdas a través de canales distribuidores de hormigón prefabricado, mientras que en humedal Sur el agua entra desde los desagües existentes, por gravedad. Las celdas disponen de motas de cierre con una anchura de coronación de 7 metros para permitir su uso como camino peatonal y carril bici.